Target gene | Primer sequence (5′-3′) | PCR product (bp) | PCR programs | PCR volume (50 µL) |
---|---|---|---|---|
AacA-D | F: TAATCCAAGAGCAATAAGGGC R: GCCACACTATCATAACCACTA | 227 | 1 cycle: 94 °C –––––– 5 min | 5 µL PCR buffer 10× |
ermA | F: AAGCGGTAAACCCCTCTGA R: TTCGCAAATCCCTTCTCAAC | 190 | 25 cycle: | 1.5Â mM Mgcl2 |
 |  |  | 94 °C –––––– 60 s | 200 µM dNTP (Fermentas) |
 |  |  | 55 °C –––––– 70 s | 0.5 µM of each primer F & R |
tetK | F: GTAGCGACAATAGGTAATAGT R: GTAGTGACAATAAACCTCCTA | 360 | 72 °C –––––– 60 s | 1.25 U Taq DNA polymerase (Fermentas) |
 |  |  | 1 cycle: 72 °C –––––– 10 min | 2.5 µL DNA template |
tetM | F: AGTGGAGCGATTACAGAA R: CATATGTCCTGGCGTGTCTA | 158 | 1 cycle: 94 °C –––––– 6 min | 5 µL PCR buffer 10× 2 mM Mgcl2 |
 |  |  | 34 cycle: 95 °C –––––– 50 s | 200 µM dNTP (Fermentas) |
 |  |  | 55 °C –––––– 70 s | 0.5 µM of each primer F & R |
 |  |  | 72 °C –––––– 60 s | 1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas) |
 |  |  | 1 cycle: 72 °C –––––– 8 min | 5 µL DNA template |
msrA | F: GGCACAATAAGAGTGTTTAAAGG R: AAGTTATATCATGAATAGATTGTCCTGTT | 940 | 1 cycle: 94 °C –––––– 6 min | 5 µL PCR buffer 10× 2 mM Mgcl2 |
 |  |  | 34 cycle: 95 °C –––––– 60 s | 150 µM dNTP (Fermentas) |
 |  |  | 50 °C –––––– 70 s | 0.75 µM of each primer F & R |
 |  |  | 72 °C –––––– 70 s | 1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas) |
 |  |  | 1 cycle: 72 °C –––––– 8 min | 3 µL DNA template |
linA | F: GGTGGCTGGGGGGTAGATGTATTAACTGG R: GCTTCTTTTGAAATACATGGTATTTTTCGA | 323 | 1 cycle: 94 °C –––––– 6 min | 5 µL PCR buffer 10× 2 mM Mgcl2 |
 |  |  | 30 cycle: 95 °C –––––– 60 s | 150 µM dNTP (Fermentas) |
 |  |  | 57 °C –––––– 60 s | 0.75 µM of each primer F & R |
 |  |  | 72 °C –––––– 60 s | 1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas) |
 |  |  | 1 cycle: 72 °C –––––– 10 min | 3 µL DNA template |
blaZ | F: ACTTCAACACCTGCTGCTTTC R: TGACCACTTTTATCA CAACC | 490 | 1 cycle: 94 °C –––––– 5 min | 5 µL PCR buffer 10× 2 mM Mgcl2 |
 |  |  | 30 cycle: 94 °C –––––– 20 s | 150 µM dNTP (Fermentas) |
 |  |  | 60 °C –––––– 30 s | 0.75 µM of each primer F & R |
 |  |  | 72 °C –––––– 90 s | 1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas) |
 |  |  | 1 cycle: 72 °C –––––– 5 min | 3 µL DNA template |
cat1 | F: AGTTGCTCAATGTACCTATAACC R: TTGTAATTCATTAAGCATTCTGCC | 547 | 1 cycle: 94 °C –––––– 8 min | 5 µL PCR buffer 10× 2 mM Mgcl2 |
 |  |  | 32 cycle: 95 °C –––––– 60 s | 150 µM dNTP (Fermentas) |
 |  |  | 55 °C –––––– 70 s | 0.75 µM of each primer F & R |
 |  |  | 72 °C –––––– 2 min | 1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas) |
 |  |  | 1 cycle: 72 °C –––––– 8 min | 3 µL DNA template |
gyrA | F: AATGAACAAGGTATGACACC R: TACGCGCTTCAGTATAACGC | 223 | 1 cycle: 94 °C –––––– 10 min | 5 µL PCR buffer 10X |
grlA | F: ACTTGAAGATGTTTTAGGTGAT R: TTAGG AAATCTTGATGGCAA | 459 | 25 cycle: 94 °C –––––– 20 s | 2 mM Mgcl2 150 µM dNTP (Fermentas) |
 |  |  | 52 °C –––––– 20 s | 0.75 µM of each primer F & R |
 |  |  | 72 °C –––––– 50 s | 1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas) |
 |  |  | 1 cycle: 72 °C –––––– 5 min | 3 µL DNA template |
dfrA | F: CTCACGATAAACAAAGAGTCA R: CAATCATTGCTTCGTATAACG | 201 | 1 cycle: 94 °C –––––– 2 min | 5 µL PCR buffer 10× |
 |  |  | 30 cycle: | 2 mM Mgcl2 |
 |  |  | 94 °C –––––– 60 s | 150 µM dNTP (Fermentas) |
 |  |  | 50 °C –––––– 60 s | 0.75 µM of each primer F & R |
 |  |  | 72 °C –––––– 60 s | 1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas) |
 |  |  | 1 cycle: 72 °C –––––– 5 min | 3 µL DNA template |
rpoB | F: ACCGTCGTTTACGTTCTGTA R: TCAGTGATAGCATGTGTATC | 460 | 1 cycle: 94 °C –––––– 5 min | 5 µL PCR buffer 10× |
 |  |  | 32 cycle: | 2 mM Mgcl2 |
 |  |  | 94 °C –––––– 60 s | 150 µM dNTP (Fermentas) |
 |  |  | 56 °C –––––– 45 s | 0.75 µM of each primer F & R |
 |  |  | 72 °C –––––– 60 s | 1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas) |
 |  |  | 1 cycle: 72 °C –––––– 10 min | 3 µL DNA template |