Table 5 PCR circumstances used for genotypic assessment of antibiotic resistance [48, 55,56,57,58,59,60,61]

AacA-D

F: TAATCCAAGAGCAATAAGGGC

R: GCCACACTATCATAACCACTA

227

1 cycle:

94 °C –––––– 5 min

5 µL PCR buffer 10×

ermA

F: AAGCGGTAAACCCCTCTGA

R: TTCGCAAATCCCTTCTCAAC

190

25 cycle:

1.5 mM Mgcl₂

94 °C –––––– 60 s

200 µM dNTP (Fermentas)

55 °C –––––– 70 s

0.5 µM of each primer F & R

tetK

F: GTAGCGACAATAGGTAATAGT

R: GTAGTGACAATAAACCTCCTA

360

72 °C –––––– 60 s

1.25 U Taq DNA polymerase (Fermentas)

1 cycle:

72 °C –––––– 10 min

2.5 µL DNA template

tetM

F: AGTGGAGCGATTACAGAA

R: CATATGTCCTGGCGTGTCTA

158

1 cycle:

94 °C –––––– 6 min

5 µL PCR buffer 10×

2 mM Mgcl₂

34 cycle:

95 °C –––––– 50 s

200 µM dNTP (Fermentas)

55 °C –––––– 70 s

0.5 µM of each primer F & R

72 °C –––––– 60 s

1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas)

1 cycle:

72 °C –––––– 8 min

5 µL DNA template

msrA

F: GGCACAATAAGAGTGTTTAAAGG

R: AAGTTATATCATGAATAGATTGTCCTGTT

940

1 cycle:

94 °C –––––– 6 min

5 µL PCR buffer 10×

2 mM Mgcl₂

34 cycle:

95 °C –––––– 60 s

150 µM dNTP (Fermentas)

50 °C –––––– 70 s

0.75 µM of each primer F & R

72 °C –––––– 70 s

1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas)

1 cycle:

72 °C –––––– 8 min

3 µL DNA template

linA

F: GGTGGCTGGGGGGTAGATGTATTAACTGG

R: GCTTCTTTTGAAATACATGGTATTTTTCGA

323

1 cycle:

94 °C –––––– 6 min

5 µL PCR buffer 10×

2 mM Mgcl₂

30 cycle:

95 °C –––––– 60 s

150 µM dNTP (Fermentas)

57 °C –––––– 60 s

0.75 µM of each primer F & R

72 °C –––––– 60 s

1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas)

1 cycle:

72 °C –––––– 10 min

3 µL DNA template

blaZ

F: ACTTCAACACCTGCTGCTTTC

R: TGACCACTTTTATCA CAACC

490

1 cycle:

94 °C –––––– 5 min

5 µL PCR buffer 10×

2 mM Mgcl₂

30 cycle:

94 °C –––––– 20 s

150 µM dNTP (Fermentas)

60 °C –––––– 30 s

0.75 µM of each primer F & R

72 °C –––––– 90 s

1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas)

1 cycle:

72 °C –––––– 5 min

3 µL DNA template

cat1

F: AGTTGCTCAATGTACCTATAACC

R: TTGTAATTCATTAAGCATTCTGCC

547

1 cycle:

94 °C –––––– 8 min

5 µL PCR buffer 10×

2 mM Mgcl₂

32 cycle:

95 °C –––––– 60 s

150 µM dNTP (Fermentas)

55 °C –––––– 70 s

0.75 µM of each primer F & R

72 °C –––––– 2 min

1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas)

1 cycle:

72 °C –––––– 8 min

3 µL DNA template

gyrA

F: AATGAACAAGGTATGACACC

R: TACGCGCTTCAGTATAACGC

223

1 cycle:

94 °C –––––– 10 min

5 µL PCR buffer 10X

grlA

F: ACTTGAAGATGTTTTAGGTGAT

R: TTAGG AAATCTTGATGGCAA

459

25 cycle:

94 °C –––––– 20 s

2 mM Mgcl₂

150 µM dNTP (Fermentas)

52 °C –––––– 20 s

0.75 µM of each primer F & R

72 °C –––––– 50 s

1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas)

1 cycle:

72 °C –––––– 5 min

3 µL DNA template

dfrA

F: CTCACGATAAACAAAGAGTCA

R: CAATCATTGCTTCGTATAACG

201

1 cycle:

94 °C –––––– 2 min

5 µL PCR buffer 10×

30 cycle:

2 mM Mgcl₂

94 °C –––––– 60 s

150 µM dNTP (Fermentas)

50 °C –––––– 60 s

0.75 µM of each primer F & R

72 °C –––––– 60 s

1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas)

1 cycle:

72 °C –––––– 5 min

3 µL DNA template

rpoB

F: ACCGTCGTTTACGTTCTGTA

R: TCAGTGATAGCATGTGTATC

460

1 cycle:

94 °C –––––– 5 min

5 µL PCR buffer 10×

32 cycle:

2 mM Mgcl₂

94 °C –––––– 60 s

150 µM dNTP (Fermentas)

56 °C –––––– 45 s

0.75 µM of each primer F & R

72 °C –––––– 60 s

1.5 U Taq DNA polymerase (Fermentas)

1 cycle:

72 °C –––––– 10 min

3 µL DNA template